基于GEO数据库芯片筛选心肌梗死的关键基因及生物信息学分析    

Identification hub genes in myocardial infarction by bioinformatics analysis based on GEO database

中文题名：基于GEO数据库芯片筛选心肌梗死的关键基因及生物信息学分析

作者：郭相杰 白雅琴 李昊 吴鹏 王晓娟 贾孝 高彩荣

第一作者：郭相杰

机构：[1]山西医科大学法医学院,山西晋中030600;[2]山西医科大学第二医院内分泌科,山西太原030000;[3]证据科学教育部重点实验室(中国政法大学),北京100088

年份：2022

卷号：37

期号：2

起止页码：137-142

中文期刊名：中国法医学杂志

中文关键词：法医病理学;关键基因;生物信息学;心肌梗死;差异表达基因;

摘要：目的应用生物信息学方法筛选出心肌梗死(Myocardial Infarction,MI)的关键基因,探讨MI的病理机制及法医学诊断标志物。方法从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载GSE23294数据集,用R/Bioconductor package limma筛选MI小鼠心肌组织中差异表达的m RNA(Differentially Expressed Genes,DEGs),使用STRING及Cytoscape3.8.2对DEGs构建蛋白质互相作用(Protein-protein Interaction,PPI)网络,并基于Cyto Hubba筛选MI相关hub基因。最后,用R/Bioconductor package clusterProfiler对筛选到的DEGs进行生物学功能和信号通路富集分析。结果从MI小鼠心肌组织中筛选到42个DEGs,这些DEGs主要通过炎症反应、免疫调节、激素分泌等信号通路参与MI的发生发展,并进一步筛选出7个MI相关hub基因:Fos、Egr1、ICAM-1、Atf3、Adipoq、Actb、Cxcl1。结论筛选出的Fos、Egr1等关键基因有望成为法医学鉴定MI的潜在生物标志物,为进一步研究MI的发病机制及法医学鉴定提供了新的思路。

分类号：D918.93[司法化学检验]

收录：CSCD:【CSCD_E2021_2022】；医学文摘;日本科学技术振兴机构数据库;文摘与引文数据库;中国科技核心期刊;普通刊;