小鼠急性心肌梗死后不同时间点的基因表达谱    

Gene Expression Profiles at Different Time Points after Acute Myocardial Infarction in Mice

中文题名：小鼠急性心肌梗死后不同时间点的基因表达谱

作者：李昊 贾孝 白雅琴 吴鹏 郭华林 贠克明 高彩荣 郭相杰

第一作者：李昊

机构：[1]山西医科大学法医学院,山西晋中030600;[2]证据科学教育部重点实验室(中国政法大学),北京100088;[3]内蒙古医科大学,内蒙古呼和浩特010110

年份：2022

卷号：38

期号：3

起止页码：343-349

中文期刊名：法医学杂志

中文关键词：法医病理学;生物信息学;急性心肌梗死;差异表达基因;时序性表达;小鼠;

摘要：目的 探寻急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)小鼠心肌组织mRNA的差异表达及时序性变化规律。方法 从基因表达综合数据库中下载小鼠AMI相关数据集GSE4648,筛选数据集中AMI实验组和假手术对照组术后0.25、1、4、12、24、48 h 6个时间点左心室心肌组织样本各6个,空白对照组左心室心肌组织样本数据6个,共78个样本数据进行分析。使用R软件包中的Bioconductor package limma分析差异表达基因,使用clusterProfiler进行功能通路富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用关系(protein-protein interaction,PPI)网络、Degree拓扑算法确定关键基因,最后使用Mfuzz进行时序性聚类分析。结果 共1 320个差异表达基因与AMI发生发展有关。功能富集结果包括细胞分解代谢过程、炎症反应的调控、肌肉系统及脉管系统发育、细胞黏附等,信号通路主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路。AMI关键基因包括MYL7、TSC22D2、HSPA1A、BTG2、NR4A1、RYR2,在AMI发生后0.25~48 h出现不同程度的上调或下调。结论 AMI中差异表达基因的功能信号通路及关键基因的时序性表达可能为AMI的法医学鉴定提供参考。

分类号：DF795.1[法医基础科学]

收录：化学文摘（网络版）;CSCD:【CSCD_E2021_2022】；医学文摘;日本科学技术振兴机构数据库;生物医学检索系统;RCCSE;文摘与引文数据库;中国科技核心期刊;普通刊;